根據(jù)上述職責，市衛(wèi)生和計劃生育委員會設17個內(nèi)設機構：
（一）辦公室
負責文電、會務、機要、保密、檔案、督查等機關日常運轉工作。承擔重大問題調(diào)研，黨委、行政工作計劃、總結等重要文稿起草，政務公開，政務信息報送，信訪，衛(wèi)生統(tǒng)計，建議提案辦理、機關后勤保障等工作，落實廉政建設主體責任。
（二）衛(wèi)生應急辦
負責擬訂衛(wèi)生應急和緊急醫(yī)學救援政策、制度、規(guī)劃、預案和規(guī)范措施，指導全市衛(wèi)生應急體系和能力建設，指導、協(xié)調(diào)突發(fā)公共衛(wèi)生事件的預防準備、監(jiān)測預警、處置救援、總結評估等工作，協(xié)調(diào)指導突發(fā)公共衛(wèi)生事件和其他突發(fā)事件預防控制和緊急醫(yī)學救援工作，組織實施對突發(fā)急性傳染病的防控和應急措施，對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫(yī)學救援，發(fā)布突發(fā)公共衛(wèi)生事件應急處置信息。
（三）信息處
負責擬訂衛(wèi)生計生信息工作規(guī)劃，開展信息化建設工作；配合市信息主管部門做好部門網(wǎng)站有關欄目的維護；負責本部門電子政務應用系統(tǒng)及安全保障系統(tǒng)的維護和管理；組織衛(wèi)生計生信息資源的開發(fā)、利用和管理工作；承擔人口統(tǒng)計數(shù)據(jù)的分析研究，參與人口基礎信息庫的建設。
（四）規(guī)劃與財務處
擬訂全市衛(wèi)生和計劃生育事業(yè)中長期發(fā)展規(guī)劃，承擔統(tǒng)籌規(guī)劃與協(xié)調(diào)優(yōu)化全市衛(wèi)生和計劃生育服務資源配置工作。指導全市衛(wèi)生和計劃生育規(guī)劃的編制和實施，指導衛(wèi)生和計劃生育公共服務體系建設。負責全市衛(wèi)生計生機構基礎設施建設，安全生產(chǎn)、后勤管理工作和大型醫(yī)療設備的配置計劃與實施。
承擔機關和預算管理單位預決算、財務、資產(chǎn)管理和內(nèi)部審計工作，擬訂藥品、醫(yī)療器械采購相關規(guī)范和計劃生育藥具需求計劃，提出醫(yī)療服務和藥品價格政策的建議，指導和監(jiān)督全市衛(wèi)生和計劃生育經(jīng)費、獎勵扶助經(jīng)費及社會撫養(yǎng)費的管理使用。
（五）政策法規(guī)處（行政服務處）
組織起草衛(wèi)生和計劃生育規(guī)范性文件。負責衛(wèi)生和計劃生育綜合性政策法規(guī)研究。承擔規(guī)范性文件的合法性審核，承擔行政復議、行政應訴和法律法規(guī)咨詢、解釋等工作。
負責市政務服務中心衛(wèi)生計生窗口管理工作。承擔衛(wèi)生計生法定行政許可事項的審批，負責承辦各類衛(wèi)生計生行政許可的檔案的收集、整理、歸檔、管理。
承擔市政府深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革領導小組辦公室具體工作。研究提出深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的重大政策、措施的建議。組織推進公立醫(yī)院改革工作。
（六）綜合監(jiān)督與疾病預防控制處（食品安全標準與監(jiān)測處）
承擔公共衛(wèi)生、醫(yī)療衛(wèi)生、計劃生育綜合監(jiān)督，按職責分工承擔職業(yè)衛(wèi)生、放射衛(wèi)生、環(huán)境衛(wèi)生、學校衛(wèi)生和計劃生育的監(jiān)督管理。組織開展公共場所、飲用水安全、傳染病防治監(jiān)督檢查，整頓和規(guī)范醫(yī)療服務市場，組織查處違法行為，督辦重大違法案件。指導規(guī)范綜合監(jiān)督執(zhí)法行為。
擬訂全市重大疾病防治規(guī)劃、免疫規(guī)劃、嚴重危害人民健康的公共衛(wèi)生問題的干預措施并組織實施，完善疾病預防控制體系，防止和控制疾病發(fā)生和疫情蔓延，監(jiān)督和指導全市的傳染病疫情監(jiān)測信息報告管理工作。承擔市政府血吸蟲病地方病防治領導小組和市政府艾滋病防治工作委員會辦公室的具體工作。
參與食品安全地方標準制定修訂、企業(yè)標準備案管理；開展食品安全標準跟蹤評價；組織開展食品安全標準宣傳培訓。組織開展食品安全風險監(jiān)測、交流。
（七）醫(yī)政醫(yī)管處（干部保健處）
擬訂醫(yī)療機構、醫(yī)療技術應用、醫(yī)療質量、醫(yī)療安全、醫(yī)療服務、采供血機構管理等有關政策規(guī)范、地方性標準并組織實施。擬訂醫(yī)務人員的服務規(guī)范。擬訂醫(yī)療機構和醫(yī)療服務全行業(yè)管理辦法并監(jiān)督實施，指導醫(yī)院臨床重點?？平ㄔO、醫(yī)療急救體系建設、醫(yī)院感染控制、臨床實驗室管理等有關工作。監(jiān)督指導全市醫(yī)療機構評審評價，擬訂公立醫(yī)院運行監(jiān)管、績效評價和考核制度。
負責協(xié)調(diào)處理診療過程中的醫(yī)療護理糾紛。協(xié)助做好重大突發(fā)事件、自然災害的醫(yī)療救護。配合相關部門做好殘疾人康復、老年人醫(yī)療康復、勞動能力鑒定等工作。
負責組織、協(xié)調(diào)全市離退休干部和機關公務員的保健工作；負責全市重大活動的醫(yī)療衛(wèi)生保障工作。
（八）基層衛(wèi)生與婦幼健康服務處
擬訂農(nóng)村衛(wèi)生和社區(qū)衛(wèi)生政策、規(guī)劃、規(guī)范并組織實施，指導全市基層衛(wèi)生服務體系建設和鄉(xiāng)村醫(yī)生相關管理工作，監(jiān)督指導基層衛(wèi)生政策的落實。負責做好新型農(nóng)村合作醫(yī)療工作，推動全市新型農(nóng)村合作醫(yī)療制度與城鎮(zhèn)居民醫(yī)療保險制度融合。
擬訂全市婦幼衛(wèi)生和計劃生育技術服務的規(guī)劃、政策、技術標準、規(guī)范并組織實施，推進婦幼衛(wèi)生和計劃生育技術服務體系建設，組織實施預防和減少出生缺陷工作。圍繞生育、節(jié)育、不育組織開展生殖保健工作。依法指導開展婦幼保健、人類輔助生殖技術和計劃生育技術服務。開展病殘兒童醫(yī)學鑒定和計劃生育手術并發(fā)癥鑒定。
（九）藥事管理處
貫徹落實藥品法典法規(guī)、國家藥物政策和基本藥物制度。負責組織實施基本藥物采購、配送、使用的管理制度，并對基本藥物品種、管理、價格政策等提出建議。指導醫(yī)院藥事工作，規(guī)范藥學部門建設，負責藥事管理和藥物合理使用的監(jiān)管，組織制定全市醫(yī)療機構藥事管理相關制度。負責管理衛(wèi)生計生機構的藥品、醫(yī)療器械、高值耗材、計生用具的采購、配送和使用。
（十）計劃生育基層指導處
貫徹落實計劃生育政策并組織實施，指導和督促基層加強計劃生育基礎管理和服務工作，推進基層計劃生育工作網(wǎng)絡建設。起草并實施計劃生育目標管理責任制，組織對基層計劃生育工作的考評。指導監(jiān)督轄市區(qū)落實計劃生育一票否決制。承擔市人口和計劃生育領導小組辦公室的具體工作。
（十一）計劃生育家庭發(fā)展處
研究提出促進計劃生育家庭發(fā)展的政策建議。建立和完善計劃生育利益導向機制及特殊困難家庭扶助制度并組織實施，擬訂計劃生育獎勵扶助政策。推進幸福家庭建設，承擔出生人口性別比綜合治理工作。
（十二）流動人口服務管理處
擬訂流動人口計劃生育服務管理工作規(guī)劃、政策并組織實施。建立流動人口衛(wèi)生和計劃生育信息共享和公共服務工作機制。負責流動人口雙向考核、區(qū)域協(xié)調(diào)、動態(tài)監(jiān)測、綜合治理，指導基層流動人口社會融合機制建設。
（十三）宣傳處
擬訂衛(wèi)生和計劃生育宣傳工作目標、規(guī)劃和計劃。承擔衛(wèi)生和計劃生育新聞宣傳、輿情引導工作。組織開展黨的理論學習教育和普法教育，負責全系統(tǒng)精神文明建設。負責全系統(tǒng)政工系列職稱評審管理，指導市衛(wèi)生計生系統(tǒng)思想政治工作研究會工作。
（十四）科技教育處
擬訂衛(wèi)生和計劃生育人才培養(yǎng)、學科建設、科技發(fā)展和教育發(fā)展規(guī)劃；組織實施衛(wèi)生創(chuàng)新人才培養(yǎng)工程；組織實施醫(yī)學重點學科、實驗室的建設；負責醫(yī)學科學研究和重大技術攻關項目的政策措施和項目管理；指導醫(yī)療衛(wèi)生單位適宜技術推廣應用和科學普及工作；負責實驗室生物安全監(jiān)督；組織實施畢業(yè)后醫(yī)學教育、繼續(xù)醫(yī)學教育；指導高等醫(yī)學院校附屬醫(yī)院臨床教學工作；指導衛(wèi)生高等職業(yè)技術學校教育，負責新專業(yè)設置的審核、報批、評估工作；組織實施住院醫(yī)師規(guī)范化培訓和?？漆t(yī)師培訓；組織實施衛(wèi)生和計劃生育專業(yè)技術人員崗位培訓。
（十五）中醫(yī)管理處
擬訂全市中醫(yī)藥事業(yè)發(fā)展規(guī)劃、計劃并組織實施；管理和指導全市中醫(yī)和中西醫(yī)結合工作；承擔中醫(yī)藥政策調(diào)查研究工作；擬訂運用中醫(yī)藥防治重大疾病的規(guī)劃、中醫(yī)項目計劃，并組織實施；組織實施中醫(yī)管理規(guī)范和技術標準；指導和組織實施農(nóng)村衛(wèi)生、社區(qū)衛(wèi)生服務中的中醫(yī)藥工作，指導其他醫(yī)療機構的中醫(yī)業(yè)務。監(jiān)督實施中醫(yī)從業(yè)人員的執(zhí)業(yè)資格標準、服務規(guī)范。組織申報、實施省中醫(yī)藥科學研究項目計劃，促進中醫(yī)藥科技成果的轉化、應用和推廣。組織開展中醫(yī)藥師承教育、中醫(yī)類別住院醫(yī)師規(guī)范化培訓和相關人才培訓項目。
（十六）組織人事處（老干部處）
擬訂并組織實施基層單位組織工作計劃；指導、檢查、督促基層單位黨組織建設；指導基層黨組織換屆選舉；負責對基層單位領導班子、領導干部和后備干部的考核、選配、調(diào)整及教育培訓；指導基層單位中層干部管理；負責黨員管理、教育和發(fā)展工作；承辦委管干部和基層黨員干部出國（境）的政治審核。負責推薦、考察各級人大代表、政協(xié)委員；做好統(tǒng)戰(zhàn)、人才、臺灣事務、僑務等工作。負責委管基層領導干部及委機關干部人事檔案工作。
擬訂衛(wèi)生和計劃生育人才隊伍發(fā)展規(guī)劃并組織實施；負責直屬單位人員招錄（錄用）、調(diào)配及政策性安置工作；負責直屬單位人員崗位聘用、崗位設置管理、績效工資管理工作；負責委機關和直屬單位機構編制、勞動用工、考核、獎懲、工資福利、退休（職）等工作；負責直屬單位國務院特殊津貼、?。ú浚┯型怀鲐暙I中青年專家和市中青年專業(yè)技術拔尖人才的選拔管理工作；承擔衛(wèi)生援疆干部的派遣和管理工作；負責直屬單位退休職工綜合管理工作。
承擔全市衛(wèi)生專業(yè)技術人員職稱考試、考核、評審申報推薦工作；承擔全市衛(wèi)生系統(tǒng)工人技術等級崗位升級考核工作。開展衛(wèi)生和計劃生育工作領域的國際合作與交流，承擔衛(wèi)生援外有關工作，開展與港澳臺地區(qū)的交流與合作。承辦機關和直屬單位因公出國、出境工作；負責直屬單位治安保衛(wèi)和人武雙擁工作。
負責全委離休干部及退休領導干部綜合管理工作。
（十七）市愛國衛(wèi)生運動委員會辦公室
承擔市愛國衛(wèi)生運動委員會的日常工作，統(tǒng)籌協(xié)調(diào)市愛委會各成員單位工作職責的落實，組織開展愛國衛(wèi)生監(jiān)督、考核工作；按照職責分工，做好國家衛(wèi)生城市長效管理工作；組織開展創(chuàng)建衛(wèi)生鎮(zhèn)、衛(wèi)生村、衛(wèi)生單位工作，推進健康城市、健康鎮(zhèn)村、健康單位建設，做好衛(wèi)生創(chuàng)建、健康創(chuàng)建命名和動態(tài)管理工作；組織協(xié)調(diào)農(nóng)村生活飲用水衛(wèi)生監(jiān)測工作，鞏固農(nóng)村改廁工作；擬定全市健康教育與促進計劃，負責健康教育與促進管理工作；組織協(xié)調(diào)全市控制吸煙工作，指導各部門、各行業(yè)的控制吸煙工作；組織開展病媒生物預防控制工作。
按有關規(guī)定設置紀委、工會、團委。