根據(jù)上述職責(zé)，市審計(jì)局設(shè)13個(gè)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)：
（一）辦公室
負(fù)責(zé)文電、會(huì)務(wù)、信訪、財(cái)務(wù)、接待、安全、保密和后勤保障等局機(jī)關(guān)日常運(yùn)轉(zhuǎn)工作；起草和審核有關(guān)文件、報(bào)告及管理制度；承辦信息和宣傳稿件的審核、報(bào)送；發(fā)布局機(jī)關(guān)政務(wù)公開工作事項(xiàng)。
（二）法制綜合處
參與財(cái)經(jīng)、審計(jì)法規(guī)研究，起草審計(jì)規(guī)范性文件；組織實(shí)施審計(jì)普法教育，負(fù)責(zé)審計(jì)業(yè)務(wù)復(fù)核審理，辦理審計(jì)聽證、行政復(fù)議、行政訴訟應(yīng)訴事項(xiàng)；組織實(shí)施審計(jì)項(xiàng)目質(zhì)量檢查和審計(jì)業(yè)務(wù)考核；編制全市年度審計(jì)項(xiàng)目計(jì)劃；負(fù)責(zé)審計(jì)科研、統(tǒng)計(jì)、檔案等工作；指導(dǎo)下級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)的相關(guān)工作。
（三）財(cái)政金融審計(jì)處
組織審計(jì)市本級(jí)預(yù)算執(zhí)行和其他財(cái)政收支情況；組織審計(jì)轄市、區(qū)政府預(yù)算執(zhí)行、決算和其他財(cái)政收支情況；負(fù)責(zé)審計(jì)市屬金融機(jī)構(gòu)及所屬企事業(yè)單位的資產(chǎn)、負(fù)債和損益情況；根據(jù)審計(jì)署的安排，組織全市審計(jì)機(jī)關(guān)審計(jì)中央在常州的金融機(jī)構(gòu)的資產(chǎn)、負(fù)債和損益情況；開展財(cái)政金融專項(xiàng)審計(jì)及審計(jì)調(diào)查；指導(dǎo)下級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)的財(cái)政金融審計(jì)業(yè)務(wù)。
（四）行政事業(yè)審計(jì)處
組織審計(jì)市人大機(jī)關(guān)、市政協(xié)機(jī)關(guān)、市法院機(jī)關(guān)、市檢察院機(jī)關(guān)和政黨組織、社會(huì)團(tuán)體的財(cái)政財(cái)務(wù)收支；組織審計(jì)市政府有關(guān)部門和直屬單位的財(cái)政財(cái)務(wù)收支；組織審計(jì)市政府主管部門管理的教科文衛(wèi)專項(xiàng)資金；開展相關(guān)專項(xiàng)審計(jì)調(diào)查；指導(dǎo)下級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)的行政事業(yè)審計(jì)業(yè)務(wù)。
（五）經(jīng)貿(mào)審計(jì)處
組織審計(jì)市政府有關(guān)部門的財(cái)政收支；組織審計(jì)市屬國(guó)有企業(yè)和市政府規(guī)定的市級(jí)國(guó)有資本占控股或主導(dǎo)地位企業(yè)的資產(chǎn)、負(fù)債及損益；開展相關(guān)專項(xiàng)審計(jì)調(diào)查；指導(dǎo)下級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)的經(jīng)貿(mào)審計(jì)業(yè)務(wù)。
（六）社會(huì)保障審計(jì)處
組織審計(jì)市政府有關(guān)部門的財(cái)政收支；組織審計(jì)市政府主管部門管理和其他單位受市政府及其部門委托管理的社會(huì)保障資金、社會(huì)捐贈(zèng)資金、住房保障資金及住房公積金等；開展相關(guān)專項(xiàng)審計(jì)調(diào)查；指導(dǎo)下級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)的社會(huì)保障審計(jì)業(yè)務(wù)。
（七）固定資產(chǎn)投資審計(jì)處
組織審計(jì)市政府有關(guān)部門的財(cái)政收支；組織審計(jì)市級(jí)政府投資和以市級(jí)政府投資為主的建設(shè)項(xiàng)目的預(yù)算執(zhí)行情況及決算；開展相關(guān)專項(xiàng)審計(jì)調(diào)查；指導(dǎo)下級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)的固定資產(chǎn)投資審計(jì)業(yè)務(wù)。
（八）農(nóng)業(yè)與水利、環(huán)保審計(jì)處
組織審計(jì)市政府有關(guān)部門的財(cái)政收支；組織審計(jì)市政府主管部門和轄市、區(qū)政府管理的農(nóng)業(yè)專項(xiàng)資金、資源能源及生態(tài)環(huán)境保護(hù)資金；開展相關(guān)專項(xiàng)審計(jì)調(diào)查；指導(dǎo)下級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)的農(nóng)業(yè)與水利、環(huán)保審計(jì)業(yè)務(wù)。
（九）外資運(yùn)用審計(jì)處
組織審計(jì)市政府有關(guān)部門的財(cái)政收支；根據(jù)上級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)授權(quán)，組織審計(jì)國(guó)際組織和外國(guó)政府援助、貸款項(xiàng)目的財(cái)務(wù)收支；組織審計(jì)市屬有關(guān)企業(yè)的資產(chǎn)、負(fù)債和損益；開展相關(guān)專項(xiàng)審計(jì)調(diào)查；指導(dǎo)下級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)的外資運(yùn)用審計(jì)業(yè)務(wù)。
（十）經(jīng)濟(jì)責(zé)任與內(nèi)部審計(jì)指導(dǎo)處
擬訂全市經(jīng)濟(jì)責(zé)任審計(jì)的有關(guān)規(guī)定、辦法；負(fù)責(zé)對(duì)全市經(jīng)濟(jì)責(zé)任審計(jì)工作的指導(dǎo)檢查；組織協(xié)調(diào)和督導(dǎo)市管領(lǐng)導(dǎo)干部及依法屬于市審計(jì)局審計(jì)監(jiān)督對(duì)象的其他單位主要負(fù)責(zé)人經(jīng)濟(jì)責(zé)任審計(jì)工作；對(duì)全市內(nèi)部審計(jì)工作進(jìn)行指導(dǎo)、監(jiān)督。
（十一）計(jì)算機(jī)審計(jì)處
負(fù)責(zé)全市審計(jì)機(jī)關(guān)計(jì)算機(jī)輔助審計(jì)系統(tǒng)、審計(jì)管理系統(tǒng)的規(guī)劃與管理，指導(dǎo)全市“金審工程”建設(shè)和管理；組織全市審計(jì)機(jī)關(guān)計(jì)算機(jī)審計(jì)軟件的評(píng)審、推廣和成果考核；承擔(dān)市局機(jī)關(guān)信息化網(wǎng)絡(luò)建設(shè)、管理、維護(hù)及計(jì)算機(jī)審計(jì)方面的其他工作。指導(dǎo)下級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)審計(jì)信息化建設(shè)和應(yīng)用。
（十二）審計(jì)業(yè)務(wù)監(jiān)督處
負(fù)責(zé)審計(jì)業(yè)務(wù)的全程質(zhì)量監(jiān)督，促進(jìn)審計(jì)執(zhí)法行為規(guī)范；依法檢查審計(jì)決定執(zhí)行情況，督促糾正和處理審計(jì)發(fā)現(xiàn)的問題；監(jiān)督審計(jì)紀(jì)律的執(zhí)行，維護(hù)審計(jì)形象；開展對(duì)外聘機(jī)構(gòu)和人員的審計(jì)質(zhì)量監(jiān)督；配合相關(guān)部門對(duì)國(guó)家審計(jì)人員違紀(jì)事項(xiàng)或行為的查處和對(duì)中介機(jī)構(gòu)及參審計(jì)人員違紀(jì)問題的查處；負(fù)責(zé)并協(xié)調(diào)有關(guān)經(jīng)濟(jì)案件的審計(jì)工作。
（十三）人事教育處
承擔(dān)局機(jī)關(guān)的機(jī)構(gòu)編制、人事人才管理、教育培訓(xùn)等工作；辦理局機(jī)關(guān)人員出國(guó)有關(guān)事項(xiàng)；負(fù)責(zé)局機(jī)關(guān)離退休人員的服務(wù)管理工作。
機(jī)關(guān)黨總支 負(fù)責(zé)局機(jī)關(guān)的黨群工作。