根據上述職責，市民族宗教事務局設3個內設機構：
（一）辦公室（政策法規(guī)處）
負責局機關政務的綜合協(xié)調工作；負責局機關文電、會務、機要、檔案、政務公開、安全保密、信息化建設工作；參與管理民族宗教工作經費；負責局機關的機構編制、人事、財務管理工作；會同業(yè)務處室指導、檢查、監(jiān)督市宗教團體和宗教活動場所的財務工作；承擔局機關接待、后勤和退休干部的管理工作；負責局機關黨群工作。
負責組織、協(xié)調民族宗教方面的宣傳、教育培訓工作；負責協(xié)調處理有關來信來訪等工作; 承擔宗教外事歸口管理工作；協(xié)調組織對違反民族宗教法律法規(guī)活動的依法查處；承辦本局行政復議、行政訴訟等有關工作；承擔對宗教團體、直屬宗教場所等基層單位宗教文物和文化資產相關管理工作的監(jiān)督檢查；指導、考核基層單位的經營管理工作。
（二）民族處
負責民族和伊斯蘭教事務管理工作，調查研究并提出對策建議；承辦民族特需商品、清真食品生產的相關事宜，做好清真食品監(jiān)督和保護的有關工作；會同有關方面做好少數(shù)民族扶貧工作；加強少數(shù)民族流動人員服務和管理工作；配合有關部門做好少數(shù)民族干部的培養(yǎng)選拔工作；指導少數(shù)民族和伊斯蘭教團體依法依章開展工作，支持伊斯蘭教協(xié)會和市清真寺加強自身建設；聯(lián)系伊斯蘭教界人士；協(xié)助有關部門做好常州民族中學以及在常院校民族班學生的思想工作和有關服務管理工作；會同有關部門處理民族方面的突發(fā)事件。
（三）宗教處（行政服務處）
負責佛教、道教、天主教、基督教事務管理工作，調查研究并提出對策建議；負責行政許可事項的受理、審核、審批工作；依法查處違反宗教法律法規(guī)的活動；指導佛教、道教、天主教、基督教團體和有關宗教場所依法依章開展工作，支持其加強自身建設，教育培養(yǎng)宗教教職人員；聯(lián)系宗教界人士；對涉及宗教政策法規(guī)問題的書刊及音像制品的內容進行指導；會同有關部門處理宗教方面的突發(fā)事件；協(xié)助做好佛教、道教、天主教、基督教基建項目的監(jiān)督和服務工作。