根據(jù)上述職責(zé)，市交通運(yùn)輸局設(shè)12個內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)：
（一）辦公室
協(xié)調(diào)局機(jī)關(guān)日常事務(wù)工作；指導(dǎo)全系統(tǒng)辦公室業(yè)務(wù)工作；負(fù)責(zé)文秘、綜合調(diào)研、政務(wù)公開、信息、督查督辦、信訪、機(jī)要、保密、文書檔案工作；負(fù)責(zé)起草綜合性文稿、重要報告、史志、年鑒；負(fù)責(zé)擬訂局機(jī)關(guān)各項(xiàng)管理制度；組織協(xié)調(diào)局重要會議、重大活動，負(fù)責(zé)日常公務(wù)接待、后勤保障和局機(jī)關(guān)安全保衛(wèi)工作；指導(dǎo)全系統(tǒng)愛國衛(wèi)生、計(jì)劃生育工作。
（二）政策法規(guī)處
指導(dǎo)全市交通運(yùn)輸系統(tǒng)法制工作。組織開展交通運(yùn)輸行業(yè)有關(guān)政策研究，指導(dǎo)交通運(yùn)輸行業(yè)體制改革和局屬單位改革工作；負(fù)責(zé)指導(dǎo)、協(xié)調(diào)交通運(yùn)輸行業(yè)管理；負(fù)責(zé)規(guī)范性文件的審核、備案和協(xié)調(diào)工作；承擔(dān)法制宣傳教育工作；指導(dǎo)交通運(yùn)輸行政執(zhí)法工作；負(fù)責(zé)交通運(yùn)輸行政執(zhí)法監(jiān)督工作；承辦局機(jī)關(guān)行政復(fù)議、行政訴訟和行政賠償工作；開展交通運(yùn)輸法律服務(wù)和咨詢工作。
（三）規(guī)劃計(jì)劃處
組織編制公路、水路、地方鐵路、航空等交通運(yùn)輸行業(yè)發(fā)展規(guī)劃，編制年度實(shí)施計(jì)劃；擬訂交通運(yùn)輸行業(yè)發(fā)展戰(zhàn)略、投融資政策；負(fù)責(zé)港口及港航設(shè)施建設(shè)使用岸線的布局規(guī)劃及審查工作；負(fù)責(zé)交通基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)項(xiàng)目的前期工作、設(shè)計(jì)審查和后期評價工作；負(fù)責(zé)交通運(yùn)輸行業(yè)統(tǒng)計(jì)工作。
（四）工程管理處
承擔(dān)交通建設(shè)市場監(jiān)管和基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)管理工作；負(fù)責(zé)職責(zé)范圍內(nèi)交通基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)項(xiàng)目的竣工驗(yàn)收工作；負(fù)責(zé)交通建設(shè)市場動態(tài)管理和監(jiān)督檢查，監(jiān)督管理交通運(yùn)輸行業(yè)和產(chǎn)業(yè)項(xiàng)目招標(biāo)投標(biāo)工作；負(fù)責(zé)交通建設(shè)市場主體的資質(zhì)資格管理和信用管理；指導(dǎo)和監(jiān)督下級交通運(yùn)輸主管部門的交通建設(shè)市場管理工作，維護(hù)交通建設(shè)市場公平競爭秩序；負(fù)責(zé)交通工程建設(shè)實(shí)施階段程序管理。
（五）科技信息處
負(fù)責(zé)擬訂全行業(yè)科技發(fā)展規(guī)劃和計(jì)劃；指導(dǎo)重點(diǎn)交通運(yùn)輸科技項(xiàng)目攻關(guān)、創(chuàng)新技術(shù)引進(jìn)和重大科技成果鑒定、推廣、應(yīng)用；負(fù)責(zé)職責(zé)范圍內(nèi)交通運(yùn)輸科技成果和專利的管理；指導(dǎo)全行業(yè)質(zhì)量技改、節(jié)能減排、標(biāo)準(zhǔn)化管理工作；負(fù)責(zé)信息化建設(shè)、信息資源開發(fā)利用和網(wǎng)絡(luò)運(yùn)行工作；負(fù)責(zé)全行業(yè)通訊設(shè)備技術(shù)管理、智能交通推廣應(yīng)用工作。
（六）港口管理處
貫徹執(zhí)行《港口法》，負(fù)責(zé)組織轄區(qū)內(nèi)港口公用設(shè)施的建設(shè)、維護(hù)和管理；負(fù)責(zé)港區(qū)和港口轄區(qū)碼頭（含業(yè)主碼頭）錨地、進(jìn)港航道、航標(biāo)、倉儲、運(yùn)輸、裝卸等行業(yè)管理；負(fù)責(zé)港口進(jìn)出港船舶的調(diào)度和指泊；依法征收相關(guān)港口規(guī)費(fèi)；審核新建長江港埠企業(yè)的設(shè)立；指導(dǎo)、檢查、督促港口貨源調(diào)查和生產(chǎn)計(jì)劃實(shí)施；負(fù)責(zé)對港口和港埠企業(yè)安全生產(chǎn)和危險品的監(jiān)督；協(xié)調(diào)長江港口與口岸查驗(yàn)單位之間的聯(lián)系。
（七）行政服務(wù)處
貫徹執(zhí)行《行政許可法》，負(fù)責(zé)局有關(guān)行政許可事項(xiàng)的受理、審批、收費(fèi)、發(fā)證、送達(dá)等相關(guān)工作，組織、協(xié)調(diào)、指導(dǎo)本系統(tǒng)的行政許可工作，管理本系統(tǒng)派駐市行政服務(wù)中心的工作人員。
（八）財(cái)務(wù)審計(jì)處
指導(dǎo)實(shí)施交通行業(yè)有關(guān)財(cái)務(wù)會計(jì)規(guī)章制度；組織交通建設(shè)資金的融通、統(tǒng)籌和調(diào)度；負(fù)責(zé)局管交通資金的撥付及使用監(jiān)督；管理交通經(jīng)費(fèi)、預(yù)決算、外匯、信貸及利用外資等有關(guān)財(cái)務(wù)工作；負(fù)責(zé)交通規(guī)費(fèi)征收管理；負(fù)責(zé)局機(jī)關(guān)財(cái)務(wù)會計(jì)日常管理工作；負(fù)責(zé)組織局機(jī)關(guān)和基層單位的內(nèi)部審計(jì)工作。
（九）安全監(jiān)督處(應(yīng)急辦公室)
貫徹實(shí)施公路、水路、地方鐵路、航空安全生產(chǎn)政策和應(yīng)急預(yù)案；負(fù)責(zé)公路、水路運(yùn)輸安全生產(chǎn)綜合監(jiān)督；負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)和指導(dǎo)交通運(yùn)輸、交通工程建設(shè)的安全生產(chǎn)、技能培訓(xùn)；監(jiān)督檢查交通安全生產(chǎn)法規(guī)和安全生產(chǎn)責(zé)任制落實(shí)情況；依法組織或參與本行業(yè)重特大責(zé)任事故的調(diào)查處理；負(fù)責(zé)局安全生產(chǎn)委員會日常事務(wù)工作；承擔(dān)社會治安綜合治理工作；承擔(dān)交通運(yùn)輸突發(fā)公共事件應(yīng)急管理工作。
（十）組織人事處（老干部處）
指導(dǎo)交通運(yùn)輸行業(yè)隊(duì)伍建設(shè)；負(fù)責(zé)局機(jī)關(guān)和直屬單位的機(jī)構(gòu)編制、組織人事和勞動工資工作；負(fù)責(zé)局管干部和直屬單位領(lǐng)導(dǎo)班子管理；指導(dǎo)交通運(yùn)輸行業(yè)人才、職稱、職業(yè)資格和技能鑒定工作；負(fù)責(zé)局管干部人事檔案管理并指導(dǎo)下屬單位干部人事檔案管理工作；負(fù)責(zé)歸口報表統(tǒng)計(jì)和黨費(fèi)收繳管理工作；承辦局機(jī)關(guān)和局屬單位出國（境）報批和政審工作；承擔(dān)統(tǒng)戰(zhàn)及機(jī)關(guān)離退休干部管理工作。
（十一）宣傳教育處
指導(dǎo)全系統(tǒng)宣傳、教育工作。負(fù)責(zé)貫徹黨的路線、方針、政策的宣傳工作；負(fù)責(zé)和指導(dǎo)交通行業(yè)精神文明創(chuàng)建工作、職工思想政治教育工作；負(fù)責(zé)指導(dǎo)局管領(lǐng)導(dǎo)干部的理論學(xué)習(xí)，擬訂全局宣傳、教育培訓(xùn)規(guī)劃和年度計(jì)劃并組織實(shí)施；負(fù)責(zé)交通新聞報道工作；負(fù)責(zé)局屬單位政工人員的職稱評定工作；負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)和指導(dǎo)局屬學(xué)校的教學(xué)工作；指導(dǎo)交通職工思想政治工作研究會工作。
（十二）交通戰(zhàn)備處（市國防動員委員會交通戰(zhàn)備辦公室）
負(fù)責(zé)國家國防交通工作的法律法規(guī)和方針、政策的宣傳、執(zhí)行、檢查和監(jiān)督；負(fù)責(zé)編制全市交通戰(zhàn)備工作規(guī)劃、戰(zhàn)時保障方案并組織實(shí)施；負(fù)責(zé)全市的國防交通動員和運(yùn)力征用；承擔(dān)市國防動員委員會交通戰(zhàn)備的日常事務(wù)工作；組織實(shí)施交通專業(yè)保障隊(duì)伍建設(shè)、軍事訓(xùn)練和政治教育；參與交通突發(fā)事件應(yīng)急處置工作；組織開展交通擁軍優(yōu)屬工作。
機(jī)關(guān)黨委 負(fù)責(zé)局機(jī)關(guān)黨建工作。
按有關(guān)規(guī)定設(shè)置紀(jì)委、工會、團(tuán)委。